中国社会科学院（Chinese Academy of Social Sciences，CASS）是中共中央直接领导、国务院直属事业单位，中国哲学社会科学研究的最高学术机构和全国哲学社会科学综合研究中心，为正部级。
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国务院港澳事务办公室是协助国务院总理办理港澳事务的办事机构。
国家机关事务管理局是国务院管理中央国家机关事务工作的直属机构，成立于1950年12月，原名中央人民政府政务院机关事务管理局，1954年更名为国务院机关事务管理局，2013年3月更名为国家机关事务管理局。
国务院参事室为国务院直属机构（副部级），具有统战性和咨询性，与中央文史研究馆合署办公，共用一套办事机构。
根据第十三届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案，组建中华人民共和国国家国际发展合作署，作为国务院直属机构。
中华人民共和国国家统计局是国务院直属机构，成立于1952年8月。
国家体育总局（正部级）由国家体育运动委员会改组的。国家体育总局与中华全国体育总会一个机构、两块牌子，是国务院主管体育工作的直属机构。
国家广播电视总局是国务院直属正部级机构，成立于2018年3月，由第十三届全国人大一次会议批准设立，同年4月16日正式揭牌。主要职责包括制定广播电视及网络视听管理政策、监督内容安全、推进行业改革、促进国际交流合作等。
国家市场监督管理总局是根据党的十九届三中全会审议通过的《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》《深化党和国家机构改革方案》和第十三届全国人民代表大会第一次会议批准的《国务院机构改革方案》设立的国务院直属机构，为正部级。
